وبوّب الأمر عدد 294 لسنة 2023 في فصله الثالث المهمة الموكولة للمستشفى العسكري الجامعي بصفاقس في "توفير علاجات ذات الاختصاص العالي لأفراد وزارة الدفاع الوطني العسكريين والمدنيين ولعائلاتهم"، كما "يمكنه توفير خدمات وعلاجات للغير إما بمقتضى اتفاقيات تبرم في الغرض بين وزارة الدفاع الوطني وهياكل عمومية أو خاصة تونسية كانت أو أجنبية، أو مباشرة للمرضى الخاضعين لدفع مقابل".


وجاء في الفصل الرابع من الامر أن المستشفى "يحدث عند الاقتضاء، فرق طبية أو جراحية تعهد إليها مهمة إسناد الوحدات العملياتية أو التدخل في إطار عمل إنساني بتونس أو بالخارج لنجدة المواطنين عند الحاجة، كما يتخذ المستشفى كل التدابير التي تضمن حسن تنفيذ مخططات التدخل الطبي خلال الكوارث والعلميات العسكرية."


و يشارك المستشفى العسكري الجامعي بصفاقس، حسب فصله الخامس، في التدريس الجامعي وما بعد الجامعي في ميادين الطب والصيدلة وطب الأسنان وكذلك في تكوين الإطار شبه الطبي والمساهمة في كل عمل يتعلق بالطب الوقائي والتثقيف الصحّي، كما ينظم ويساهم في كل الأشغال الاستشفائية الجامعية للتلامذ الضباط الأطباء والطلبة في الطب ويباشر كل أشغال البحث العلمي ويشارك فيها وذلك خاصة في ميادين الطب والصيدلة وطب الأسنان.