وتضبط برامج التعاون، حسب الاتفاقية، بمقتضى اتفاقيات خصوصية تشمل نقاط عديدة من بينها اعداد استراتيجية موحدة ومشتركة للتكوين في كل مراحل التكوين (اجازة وماجستير ودكتوراه ) ووضع آليات لحرية التنقل والتكوين لتكوين الطلبة بين المؤسسات التابعة للجامعتين وآليات لحرية التنقل والعمل والتكوين والبحث لاطار التدريس في كل منهما، اضافة الى مشاركة الجامعتين بصفة مشتركة في طلبات العروض المندرجة في اطار المشاريع الدولية.

وتعمل كل من جامعة قابس وجامعة قفصة في اطار هذا القطب، على تطوير منظومة حوكمة مشتركة تشمل منظومة معلوماتية موحدة ومكتبة رقمية ومراكز تطبيقية تكنولوجية وبرنامج تكوين بيداغوجي موجه لاطار التدريس وبرنامج تكوين مشترك لفائدة الاداريين بالجامعتين، وفق الاتفاقية.